2002年8月，新疆大学科学技术学院成立。
2004年1月，通过教育部关于办学资质的审核，成为我国首批本科院校举办的独立学院。
2012年5月，通过新疆维吾尔自治区学位委员会、自治区教育厅审核，学院取得学士学位授予权资格。
2014年5月，阿克苏地区行署与新疆大学签订合作办学协议。2014年6月，自治区人民政府下发《关于合作建设新疆大学科学技术学院事宜的批复》（新政函〔2014〕85号），决定新疆大学与阿克苏地区合作办学，由地区负责完成校园基本建设，校园建成后，将新疆大学科学技术学院搬迁至阿克苏办学，由新疆大学负责教学和管理。条件成熟、申请教育部评估合格后转制为公办本科院校。
2015年3月，新疆大学科学技术学院（阿克苏校区）工程逐步全面开工建设。同年9月，新疆大学科学技术学院（阿克苏校区）一期工程竣工（投资15亿)。同年首批招生四个专业，招生计划695名，报到率高，招生工作圆满完成，体现了新疆精神、阿克苏效率。
2019年5月，拟更名为新疆理工学院；
新疆大学科学技术学院国标代码 ：13558
新疆大学科学技术学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
新疆大学科学技术学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :13558 1 2008 06 006826
新疆大学科学技术学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。