1960年，南通河运学校创建。
1961年10月，学校改为南通河运技工学校。
1964年11月，又改为半工半读中级技术学校。
1965年5月，恢复原校名南通河运学校。
1966年，由于“文革”内乱，后连续7年未招生，6年无毕业生。
1973年1月，经省革委会批准恢复招生。
1989年1月，经省人民政府批准，学校更名为江苏省南通航运学校。
1996年，学校被省教委确定为首批试办高职班的试点学校之一。
2000年10月，学校独立升格为“南通航运职业技术学院”，是第一批经江苏省人民政府批准升格的高职院之一。
2007年，学院完成老校区置换和新校区建设，并由原校址“南通市崇川区新建路1号”搬迁至现址，成为首批省示范性高等职业院校建设单位。
2010年4月，学院被交通运输部评为交通职业教育示范院校。11月30日，学院被教育部、财政部确定为首批"国家示范性高等职业院校建设计划"骨干高职院校立项建设单位，建设期三年。
2013年5月，学院被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。
2015年，学院被评为“2015年高等职业院校服务贡献50强”。
2016年6月，学院与上海宜航共同成立宜航航空学院。
2018年4月，江苏省人民政府同意南通航运职业技术学院更名为江苏航运职业技术学院。
据2018年10月学院官网信息显示，学院设有航海、轮机工程、船舶与海洋工程、交通工程、管理信息、机电、人文艺术等7个系 ，开设43个高职专业（方向）。
南通航运职业技术学院国标代码 ：12703
南通航运职业技术学院毕业证编号（电子注册号） 编号规则 : 98年前编号编写没有规则 ，2000-2002年为17位，2003年以后为18位。
前5位 （学校代码）.6位为办学类型代码 普通高等教育为1； 博士为2；硕士为3；学士为4；成人高等教育为5；高等教育自学考试(如自学考试编号：6开头)和高等教育学历文凭考试为6；网络教育为7。7-10位：为颁证年份. 11-12位：为培养层次代码：博士研究生01；硕士研究生02；学士学位04；本科05；专科（含高职）06 ,13-17或18位：为学校对毕业证书的流水编号。
南通航运职业技术学院毕业证编号 （电子注册号）示例 :12703 1 2008 06 006826
南通航运职业技术学院毕业证分类、打印规则、相片要求、签名章：
统招毕业证书：97年以前全是手写的,97年以后，陆续打印。相片从98以后，全部是彩色。成人教育毕业证书：2001以前，全部手写，相片黑白，2001年后，全部打印，相片彩色 。 自考毕业证书:2003以前自考,发证机关,都是省教委发放的样本。2000年左右毕业证的相片大多是红色的背景， 06,07年以后才要求是蓝色背景。校长签名章的种类从外形上区分有二大类,即方章,条章,八十年代九十年代基本上都是方章,二千年左右开始出现条章,现在校长签名章是方章条章并存!校长签名章在使用时候又分红蓝两种颜色,八十年代九十年代基本上都是红色,二千年左右开始出现蓝色,现在蓝色使用多过红色了!
本中心库存全国各地大中专院校的历年毕业证原版样本。存有历任校（院）长签名章样本。